Aynı zamanda derslere, toplantılara ve vaazlara da devam etmiştir. 1917 yılında Gümşhane Tekkesi'ne giderek Şeyh Ömer Ziyaeddin Efendi Hazretleri'ne bağlanmıştır. Bu bağlılık neticesinde manevi değişiklikler kısa zamanda Hoca Efendi üzerinde kendini göstermeye başlamıştır. Ziyaeddin Efendi'nin vefatı üzerine onun yerine geçen Tekirdağlı Mustafa Fevzi Efendi yanında manevi eğitimlerine devam etmiş, 27 yaşında da eğitimini tamamlamıştır.
Böylelikle Ramuzul e-hadis, Hizbi Azam, Delail-i Hayrattan dersler verebilme selahiyeti ile birlikte Beyazıt, Fatih, Ayasofya camiinde ve medreselerde derslere devam etmiştir. Hoca Efendi bir süre sonra Bursa'ya dönmüş ve orada evlenmiştir. 1929 yılından itabaren pek çok camide hatiplik yaptıktan sonra 1985 yılında İskender Paşa Cami'nde vefatına kadar vazifesine devam etmiştir.
Mehmet Zahid Kotku Hazretleri kalmak üzere 1979 yılında gittiği, Hicaz'dan 1980 yılında ağır hastalıkları sebebiyle geri dönmüş, 13 Kasım 1980'de Hakk'ın rahmetine kavuşmuştur. 14 Kasım 1980 günü Süleymaniye Camii'nde çok kalabalık bir topluluk eşliğinde cenaze namazı kılınmıştır.
20. yüzyılın en büyük İslam alimlerinden biri olan Mehmet Zahid Kotku Hazretleri İslam ahlakının yayılması için uzun yıllar hizmet etmiş, çok değerli tefekkürlerini ve ilmini yüzlerce insanla paylaşarak çağımıza ışık tutan şahıslardan biri olmuştur.
Sohbetleri
Mehmed Zahid Efendi sohbetlerinde açıkladığı bilgileri bizzat hayata geçirerek dinleyenlerine örnek olan bir eğitimciydi. Kendisi farklı sözlerinde yalnızca bilmek değil, bildiğini uygulayarak ilmi hayata mal etmenin gerekliliğine değinmiştir.
Etrafındaki insanların ona duyduğu büyük saygı ve hayranlık hislerine karşın mütevaziliğinden asla ödün vermeyen Kotku Efendi, herkesi dikkatle dinler, kimseyi kırmazdı.
Yardımseverliği
"Sevdiğiniz şeylerden infak edinceye kadar asla iyiliğe eremezsiniz." (Al-i İmran Suresi, 92)
Nasihatleri
Sevgi ve saygı temeli üzerine kurulan İslam kardeşliğinin, kişiyi başkalarının hatalarıyla uğraşmaktan alıkoyması gerektiğini, kendi hatalarımızı görerek onları düzeltmeye çalşmanın daha doğru olacağını her fırsatta ifade etmiştir. Bu sebepledir ki, sohbetlerinde hiçbir zaman başkalarının hataları konu edilmemiş, hele ki İslam'a hizmet eden, emeği geçen, eserleri bulunanlar eleştiri konusu olmamışlardır. Bu tutumu günümüz Müslümanları'nın birlik, beraberlik ve kardeşlik duygularını yeniden kazanmaları için tüm inananlara bir örnektir.
Sık sık "Ölüme hazırlıklı olunuz" nasihatini yinelerdi.
13 Kasım 1980 günü uyurken Hakk'ın rahmetine kavuşan bu değerli insan Kanuni Sultan Süleyman türbesi arkasında, muhteşem bir cemaat eşliğinde defnedilmiştir.
Sözleri
"Tevbeyi sadece günahkarların yapacağını sanmak büyük hatadır. Kimi günahından, kimi gafletinden, kimi bütün boş işlerden, kimi ibadetine güvenmenin verdiği aldatıcı gururdan, kimi de bizzat tevbesinden tevbe eder. Kulun yaratılış gayesinin farkına varması ve bu ulvi gaye ile yaşadıkları arasındaki çelişkiyi kaldırmaya çalışması tevbenin ta kendisidir."